上海交通大学医学院由上海第二医科大学（原名上海第二医学院）、圣约翰大学医学院（1896-1952）、震旦大学医学院（1911-1952）、同德大学医学院组成医学院（1918年—1952年）于1952年全国高等学校改制时并入。
1997年，学校通过“211工程”正式立项，是国家重点建设的“211工程”大学之一。 2002年通过了“211工程”和“九五”建设项目验收和“十五”建设项目论证。
学校现有教职工12400人，其中专业技术人员10168人，高级职称在职人员1340人。 目前在校学生5700余人，其中博士生、硕士生1000余人，占全校学生总数的23%。 建校以来，学校已培养毕业生25000余名。
学校设有13个学院：1个直属院系；1个院系。 国家重点卫生学校1所； 综合性附属医院5所； 专科附属医院1所； 15所教学医院； 126个教研室。 设有七年制专业2个，本科专业6个，三年制高职及专科专业6个。 设有博士后流动站，二级学科博士点3个，硕士点31个，硕士学位授权点47个。
学校共有74个学科门类，其中国家重点学科6个，上海市重点学科7个（含“重点”学科2个），上海市教委重点学科22个，上海市医学领军专业9个。 拥有15个市级研究所、3个研究（培训）中心、2个世界卫生组织合作中心、1个国家重点实验室、1个教育部重点实验室、3个卫生部重点实验室和1个市属高校开放实验室。
学校拥有一批国内外知名医学专家、学者，其中中国科学院院士1人，中国工程院院士6人，首席科学家3人，长江学者特聘教授4人，并被劳动人事部授予“突出贡献中心”称号。 拥有中青年科技专家称号10人，享受国务院政府特殊津贴290人，市级以上重点学科带头人36人，博士生导师155人，硕士生导师430人。
200人在国际学术机构和国内一二级学术团体中担任重要职务。 “九五”期间共获得省部级以上科技成果奖199项，其中2000年国家自然科学奖二等奖1项（一等奖空缺）、16项国家科技进步奖一项，国家发明奖一项。
学校有着数十年的办学经验，一直具有博采众长、大胆创新、严谨求实、注重质量的传统和优势。 具有优良的临床医学教学条件，将临床医学教育与研究相结合。
办学模式多元化，人才培养全面，课程体系多元化，教学方式灵活。 积极吸收国内外先进办学经验和教学理念的优势和特色。 国内学校与复旦大学、上海交通大学等院校建立校际教学合作关系，联合培养七年制临床医学专业和生物医学工程公用事业管理专业学生。
与中国科学院上海生命科学研究院合作成立健康研究中心，共同开展科学研究。 国际上，已在法国、美国、日本、德国、比利时、波兰、荷兰等国家建立了28所学校。 外籍专家为名誉教授、顾问教授和客座教授，并与世界卫生组织、联合国人口基金、香港中华基金会、美国公民健康基金会有广泛合作。
中法合作举办的七年制法国临床医学班是中法两国政府重点合作项目之一。 学生在学校学习法语作为第一外语，部分基础课程以法语授课。 每年派法国教授到学校参与教学，考核合格者将被选派到法国一家医院作为实习住院医生进行为期一年的培训。
学校以其雄厚的临床医学教育师资力量和优越的临床教学条件而闻名。 拥有瑞金仁济、新华九医院、宝钢等5所综合性附属医院和上海儿童医学中心1所专科附属医院，核定床位总数4767张。 。 经市教委、卫生局考核的教学医院15所，核定床位总数6197张。 是全国拥有附属医院、教学医院和床位最多的医学院。
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