学校前身可追溯到1902年的三江师范学校农业博物馆系和1914年的金陵大学农业系。1952年全国高等学校院系调整时，原南京大学农学院、金陵大学农学院和浙江大学农学院部分院系合并组建南京农学院。 1972年，学校迁往扬州，与苏北农学院合并组建江苏农学院。 1979年迁回南京，恢复南京农学院。 1984年更名为南京农业大学。 2000年由农业部划转教育部管理。
截至2021年3月，学校拥有卫岗校区、浦口校区和白马教研基地，总面积9平方公里，建筑面积74万平方米； 设有20个学院（系），65个本科专业； 拥有博士后科研流动站15个，一级博士授权点17个，一级硕士授权点30个，专业学位硕士学位点20个； 有一级国家重点学科4个，二级国家重点学科3个，国家重点（培育）学科1个。
根据南京农业大学第四轮学科评估结果，较好的学科有作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理等，评为A+。
南京农业大学双一流学科名单
以下是教育部公布的南京农业大学双一流学科名单，这也是南京农业大学一些非常好的学科。
南京农业大学：作物科学、农业资源与环境
特殊职业
农艺学
众所周知，我校以农学见长，以农业和生命科学为优势和特色。 农学系是我国最早成立的农业系之一。 2000年10月，撤销系，设立农学院。
老兵专用医药
兽医学是南京农业大学的旗舰专业，也是全国最好的专业之一。 兽医学属于农学范畴，授予农学学士学位。 不过这个专业比较难，而且是5年制。 就业范围非常广泛。 除了兽医、考研之外，最常见的工作就是在机场海关等地方做动物检验检疫工作。
农林经济管理
经济管理学院农业经济与管理专业位居全国第一，金融学专业为江苏省重点学科。 经济管理学院就是由这两个专业推动的。 经济管理学院是学校规模最大的学院，金融学成绩全国最高，农业经济全国第一。
植物保护
南师大拥有为数不多的优秀专业之一，A++专业，排名全国第二。 现任校长主修这个专业。 植保专业本科生只有两种选择：一是从事销售工作，二是参加国家工作（公务员、事业单位）。 硕士的底薪肯定比本科要高，而且主要是做科研的。
农业资源与环境
农业资源与环境是我校一个很好的专业，以农业为特色，但因为是边缘学科，所以很难找到工作。 农业资源与环境专业以化学为主，主要就业方向是有机肥。 最值得期待的是第一年第一学期为期一周的地质实习（别人上课的时候，这个专业在到处旅游）和第二年暑假去庐山实习。
土地资源管理
南师大的土壤管理专业在国内排名靠前，师资力量也很强，但是找工作有点难。 本专业只招收理科生。
动物学
南京师范大学的兽医专业非常有名。 后来分为动物医学和动物科学两个专业。 两者都是国家重点学科，在国内排名都很高。 然而，动物医学实际上比动物科学要好得多。 该专业的就业率非常高，接近100%。 另外：如果想学动物科学，解剖学是必须的。
食品科学与工程
南京师范大学食品科学专业位居全国前五名之一。 找工作并不难，但起薪较低。 男生更容易找到工作。 其实这个专业是为国家机关和公务员准备的，可以胜任很多职位。 南京师范大学食品科学系出国留学更容易。
园艺
园艺学院现在是西北师范大学最大的学院——至少就学生人数而言是这样。 园艺专业也在全国排第五、第六，很多教授都非常优秀！ 园艺主要研究水果、蔬菜和花卉的繁殖和生长调节。 毕业后如果不继续学习、做研究，很难直接找到工作，而且工资也不高。
生物学
生物科学专业隶属于生命科学学院。 南师大很好，但是就业也不错。 专业广而不深，所以大部分学生选择考研。 许多学生出国攻读研究生。 学习和研究的氛围也很好。 生命科学学院最好的专业是生命基础班。
农业机械化、自动化
农业机械化与自动化专业涵盖内容多，就业机会广泛。 就业率和薪资都不错。 目前，农机制造企业和管理部门缺人，不少大型国有企业和外资重工企业都会优先招收南师生。 这个专业是在浦口校区，不是在维港本部。
2023年江苏专项录取分数线为历史527分，物理512分； 本科线历史474分，物理448分。
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